Para checkear o reparar tablas de mysql por consola, debemos primero ingresar a la base de datos en cuestión:

[factura@localhost ~]$ mysql -uusuario -ppassusuario
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 3
Server version: 5.0.37 Source distribution

Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.

mysql> use dbclientes;
Reading table information for completion of table and column names
You can turn off this feature to get a quicker startup with -A

Database changed

Luego, podemos hacer un check sobre una tabla específica:

mysql> check table temp_ventas;
+------------------+-------+----------+------------------------------------------------------------------------+
| Table            | Op    | Msg_type | Msg_text                                                               |
+------------------+-------+----------+------------------------------------------------------------------------+
| temp_ventas      | check | error    | Table 'temp_ventas' is marked as crashed and should be repaired        | 
+------------------+-------+----------+------------------------------------------------------------------------+
1 row in set (0.00 sec)

y con un resultado como este, realizar un repair:

mysql> repair table temp_ventas;
+------------------+--------+----------+--------------------------------------+
| Table            | Op     | Msg_type | Msg_text                             |
+------------------+--------+----------+--------------------------------------+
|      temp_ventas | repair | warning  | Number of rows changed from 13 to 14 | 
|      temp_ventas | repair | status   | OK                                   | 
+------------------+--------+----------+--------------------------------------+
2 rows in set (0.03 sec)

Seguramente nos ha pasado mas de una vez que ante un corte imprevisto de energía, algunas tablas que tienen definida una clave con autoincremento, al almacenar el ultimo valor, no cambió el contador de autoincremento en la definición de la tabla. Por lo tanto, al intentar grabar un registro nuevo, nos da error de clave duplicada.

Podemos solucionar esto por consola:

Primero veamos cual es el maximo valor almacenado de la clave en dicha tabla:

mysql> select max(id) from movimientos;
+------------------------+
| max(id) |
+------------------------+
|                 116907 |
+------------------------+
1 row in set (0.00 sec)

Luego hacemos un solemne ALTER sumando 1 al resultado de la consulta anterior:

mysql> alter table movimientos AUTO_INCREMENT=116908;
Query OK, 0 rows affected (0.06 sec)
Records: 0  Duplicates: 0  Warnings: 0