Formatear un pendrive con compatibilidad con sistemas de archivos FAT (Windows) es tan simple como ejecutar un solo comando de la forma:

mkfs.vfat -n <etiqueta> <dispositivo>

por ejemplo:

$ sudo mkfs.vfat -n kingston /dev/sdb1

Ahora bien, el pendrive debe estar desmontado al momento de formatear, asi que para saber que dispositivo es el que debemos formatear, antes de desmontar hacemos un

$ sudo fdisk -l

o un

dmesg | tail

para ver con que nombre está montado.